The Legend of Heroes II memulai cerita tentang seorang dua sahabat dari kecil bernama Jurio dan Chris yang memulai perjalanan ziarah ke lima kuil yang mengelilingi desa mereka. Dalam perjalanan mereka, mereka mempelajari bahaya dari gelombang Raual yang mengancam akan menghancurkan apapun yang berada dijalurnya. Bisakah Jurio dan Chris dengan menghentikan semua itu dan menemukan misteri dibaliknya?