Akhirnya seorang ninja sesungguhnya menunjukkan identitasnya. Dalam serial ini pemain tidak akan bermain sebagai Rikimaru, Ayame, ataupun karaketr lainnya dalam serial Tenchu. Pemain sebagai abdi dari Lord Gohda dari klan ninja Azuma harus melindunginya dari serangan Lord Ogawara. Sebagai orang baru dalam klan Azuma, pemain akan dikirim untuk membunuh semua pengikut Ogawara termasuk semua tentara dan para penyusup yang mencoba menghancurkan kekuasaan Lord Gohda. Pemain harus menyelamatkan para tahanan dan mencari jalan keluar, tidak hanya itu pemain nantinya akan bisa memilih sendiri misi apa yang ingin diselesaikan terlebih dahulu.