Misi Clank kali ini adalah menyelematkan Ratchet. Ratchet difitnah oleh musuh dan dipenjara atas kejahatan yang tidak dilakukannya. Itu saja tidak cukup, Ratchet dipenjara di penjara dengan penjagaan maksimum tempat penjahat-penjahat kelas kakap yang menyambutnya. Ratchet beruntung sekali memiliki teman di luar penjara seperti Clank. Untungnya Clank sebuah robot detektif yang banyak akal dan pandai menelusuri penjahat yang misterius. Kamu bisa memainkan Clank dan menggunakan senjata-senjatanya seperti Cufflink Bombs (borgol berbom), Tie-a-Rangs, Spy Sunglasses dan Holo-Disguise Monocle.