Kejadiannya bermula di masa dua bulan setelah Killzone (PS2), di mana Vekta bagian utara masih dalam naungan Helghast. Peraturan peperangan tidak diindahkan lagi oleh sang Jenderal Metrac, apa pun dilakukannya untuk mempertahankan status quo. Pemain kembali bermain sebagai Templar dan misinya adalah untuk menyelematkan para sandera yang ditawan oleh Metrac. Di saat yang sama pasukan ISA terus berjuang untuk kemerdekaan.