Melanjutkan kisah dari Killzone 2, gamer akan menemukan bahwa Emperor Visari, seorang diktator kejam dari Helghast, telah mati di tangan Sev dan Rico. Tapi, ternyata kemenangan peperangan masih jauh. Setelah kematian Visari, Helghan berubah menjadi sebuah dunia yang penuh dengan semua kegiatan politik yang kotor, pembunuhan serta pertengkaran yang terus menerus. Sekarang, dua orang paling kuat di Helghan sedang bertarung demi mendapatkan kekuasaan penuh dan sekarang visi dari Visari ini sendiri berada dalam bahaya. Dengan persediaan yang terbatas serta tidak ada bala bantuan, ISA harus bertarung. Tapi kali ini, mereka harus bertarung untuk selamat dari sebuah peperangan yang sudah pasti berakhir dengan kekalahan mereka, bukan untuk memenangkan peperangan tersebut.
Dalam Killzone 3, gamer akan sekali lagi berhadapan dengan pasukan Helghast yang kejam, bertarung sambil beradu nasib dengan kemungkinan hidup yang sangat teramat kecil. Killzone 3 akan memberikan sebuah campaign permainan single-player sekaligus sebuah mode permainan multiplayer yang bisa dinikmati oleh beberapa orang sekaligus secara online.