Child of Eden membawa pemain ketengah pertempuran untuk menyelamatkan proyek Lumi, misi ini bertujuan untuk memberikan kepribadian manusia di dalam Eden, dari seluruh arsip memori manusia yang ada. Saat proyek ini akan selesai, ternyata arsip diserang oleh virus yang tidak diketahui kedatangannya. Misi pemain adalah menyelamatkan Eden dari virus untuk memulihkan harapan dan kedamaian.