Dua bulan telah berlalu semenjak Star Force pertama. Kali ini Geo Stelar bersama Omega-Xis hadir kembali di seri kedua ini. Sekarang ini Geo telah lebih ceria dibanding sebelumnya dan memiliki teman-teman. Banyak karakter-karakter dari sebelumnya juga hadir kembali di sini.
Tidak ada banyak perubahan dengan seri sebelumnya. Hanya saja kali ini Star Force hanya hadir dalam 2 versi, yakni: Ninja dan Saurian. Musuh baru yang akan dihadapi Geo adalah Dr. Vega, seorang ilmuwan yang hendak menghidupkan kembali Mu. Ada juga rival MegaMan yang sangat kuat bernama Solo yang juga bisa berubah seperti Geo. Bentuk perubahannya ini bernama Rogue yang akan kalian temui sepanjang permainan.