Ni no Kuni memiliki arti Second Country atau bisa juga disebut dengan The Another World atau dunia lain. Secara umum, Ni no Kuni: Wrath of the White Witch bercerita tentang bocah berumur 13 tahun bernama Oliver yang tinggal bersama ibunya, Alline di sebuah kota bernama Motorville. Sayangnya, Alline meninggal setelah menyelamatkan Oliver saat tenggelam. Saat Oliver menangis, air matanya menyebabkan boneka pemberian dari ibunya berubah menjadi peri bernama Drippy. Dia memberi Oliver sebuah buku yang memungkinkannya untuk menggunakan kekuatan sihir dan masuk ke dalam Ni no Kuni, sebuah dunia paralel dari dunia Oliver berasal.
Gamers akan berperan sebagai Oliver yang akan bertarung dengan kekuatan sihir yang didapatkan dari buku yang diberikan oleh Drippy. Buku sihir itu berisi berbagai macam mantra sihir. Oliver bisa mengaktifkan sihir dari buku itu dengan mengayunkan tongkat sihirnya (Stylus). Saat bertarung, gamers bisa memilih bertarung menggunakan Oliver atau karakter lain di Ni no Kuni. Gamer akan memilih taktik ketika bertarung (teretak di bagian kiri bawah layar, gambar Oliver), jadi bukan bertarung secara brutal. Ketika gamer memilih mantra sihir untuk menyerang musuh, maka gerakan musuh akan terhenti sehingga gamers tidak perlu terburu-buru ketika memilih mantra atau mengatur taktik.