Pencipta Mega Man, Dr. Light disalahkan karena robotnya tidak terkontrol. Sebuah video bahkan memperlihatkan Dr. Light yang menyatakan akan mendominasi dunia dan Dr. Wily menolak untuk ikut. Dr. Wily meminta sumbangan pada orang-orang untuk menyelesaikan robot yang sedang dibuatnya untuk menghentikan Dr. Light. Mega Man harus membersihkan nama penciptanya dan membongkar niat busuk Dr. Wily yang sesungguhnya.