Jika kalian memiliki waktu bebas, kalian bisa menjalankan Character Quest. Menjalankan Character Quest akan meningkatkan persahabatan kalian. Setelah kalian melengkapi 1 Character Quest, maka karakter itu akan menjadi seseorang yang spesial bagi kalian, dan kalian akan mendapatkan ending dengan karakter itu. Jika kalian tidak bisa melengkapi salah satu Character Quest, maka kalian akan mendapatkan Bad Ending.

Kalian hanya bisa menjalankan 1 quest setiap minggu, dan ada beberapa persyaratan untuk bisa menjalankan Character Quest:

- Harus sejalan dengan cerita. Kalian tidak bisa menjalankan quest jika karakter itu tidak ada dalam team.
- Kalian harus mengaktifkan beberapa cut scene yang berhubungan dengan karakter itu. Beberapa quest hanya bisa dijalankan setelah kalian mendapatkan cut scene mereka.
- Kalian harus menyelesaikan beberapa quest atau memiliki beberapa item. Sebagian quest hanya akan aktif setelah kalian menyelesaikan Character Quest yang lain. Misalnya, kalian tidak bisa menjalankan Character Quest Pamela yang ketiga jika kalian belum menyelesaikan Quest pertama milik Anna

JESSICA
- Quest: What kind of syntheses does Jess do alone...?
Didapat dalam: Chapter 2
Setelah scene, pergi ke Campus Grounds, masuki ruangan yaang bernama "Someone's Workshop".

- Quest: ...has Jess blown anything else up?
Didapat dalam: Chapter 3
Buat 5 Polish Powders, setelah kalian mmilikinya, bicara pada Jess di Workshop, lalu pergi ke Campus Ground.

- Quest: Oh yeah, I promised to help Jess make something.
Didapat dalam: Chapter 4
Buat 2 Nectars, atau kalian bisa membelinya dari Infirmary. Setelah mendapatkannya, bicara pada Jess di Infirmary.

- Cutscene: Jessica and Mortality
Location: Classroom

- Quest: I think there's an outdoors class soon...
Didapat dalam: Chapter 7
Banyak point yang bisa kalian datangi di map, datangi untuk melihat scene. Setelah scene, pergi ke lokasi yang ditandai

- Quest: Should I tell everyone about Jess' condition?
Didapat dalam: Chapter 11
Buat Bomb Ice, Red Soup, dan Veggielicious. Berikan item itu pada Flay, lalu pergilah ke Workshop Hallway untuk melihat scene

NIKKI
- Quest: I wonder what Nikki usually does.
Didapat dalam: Chapter 2
Setelah scene, pergilah ke Faculty Room.

- Quest: What happened with Nikki's man search?
Didapat dalam: Chapter 3
Setelah scene,kalian akan mendapatkan resep untuk membuat . Setelah membuatnya, kalian akan mendapatkan scene

- Cutscene: Nikki's Song
Location: Workshop Hallway

- Quest: Nikki's singing has made her more popular
Didapat dalam: Chapter 5
Setelah scene, kalian akan menghadapi Neraus and Marilono. Gunakan Analyze untuk mengalahkan mereka dengan cepat. Setelah scene,pergilah ke workshop hallway, lalu pergi ke Campus Ground

- Quest: I wonder what happened to her fan club groupies...
Didapat dalam: Chapter 7
Pergi ke Campus Ground, Music Room, dan Student Store untuk melihat scene, kalian akan menghadapi Neraus dan Marilono lagi. Setelah pertarungan, pergi ke Cafeteria untuk pertarungan lagi.

- Cutscene: Nikki's Affection
Location: Cafeteria

- Quest: Nikki's attitude towards me changed a lot lately...
Didapat dalam: Chapter 11
Setelah scene, pergilah ke workshop. Kalian harus mendapatkan 5 Giant Woodchips, 5 Preuve Lead, dan 5 Black Dirt. Berikan item itu pada Flay, lalu kalian akan menghadapi pertarungan.