Pada Ape Escape 3 setelah menamatkan game ini sekali dengan menangkap specter anda akan mendapatkan final transformasion dari Aki, gunanya untuk mendeteksi bau pisang. Hal tersebut mengarah ketempat rahasia, pada tiap level.

Untuk menangkap monyet-monyet nakal yang belum anda tangkap semuanya.berikut keterangan lokasi ruang rahasia di tiap level.

[level 01]
lokasi : a Seaside resort (scoop! My 36th Wedding)
Ruang rahasia pertama ini sangat mudah. Dari tempat anda mulai lanjutkan berjalan sampai anda melewati mobil Van TV specter. Pergilah ketanjakan atas akan ada ruang di kanan, Pergilah kesana dan temukan aroma pisang.


[level 02]
lokasi : Hide-n-seek Forest (Monkey piece Theater Monkey Forest)
Pergilah ke depan lewati van TV specter dan lompatlah ke platform, anda akan berada dekat kamera. Berubah jadi super mokey dan carilah bau pisang di belakang area.


[level 03]
lokasi : Saru-mon's Castle (Saru-mon's Immobile Castle)
Pada level ini, lanjutkan perjalanan anda sampai ruangan bawah tanah dengan peti harta dan pedang. Sesampai di sini, pergilah ke atas tangga ke taman dan belok kanan. Berubah jadi super monkey dan cari bau pisang di dinding batu bata.


[level 05]
lokasi : The Big City (Banana Heat)
Saat anda memulai di tengah jalan, berlarilan kedepan sampai mencapai trotoar. akan ada dua pintu di depan anda dengan poster bertuliskan "masaru times". Teater dekat sebuah tugu masuk lah kedalam teater dan naik ke pentas. Pada kiri dari pentas akan terdapat ruang rahasia.


[level 06]
Lokasi : Specter TV Studio (Specter TV)
Pada level ini mulai dengan normal dan temukan mecha monyet. Kendarai dan gunakan untuk menghancurkan dinding sampai anda menemui jalan buntu. Carilah ke gedung tertinggi. Bukan di gedung yang ada kotak di sampingnya. Berubahlah jadi super monkey dan gunakan banana radar untuk mencari bau pisang.


[level 07]
lokasi : Bootown (Monday the 16th: Nightmare on Ape Street)
Berjalanlah hingga sampai ke danau dengan kamera dan batu nisan. Begitu anda sampai di batu nisan yang besar, geser dan masuklah kedalamnya. Kalahkan robot didalamnya dan panjatlah tiang. Berlari lewati patung dan penyembur api lalu berubah jadi super monkey. Ruang rahasia ada pada lukisan besar.


[level 08]
lokasi : Wild West Town (A fistful of Bananas)
Lanjutkan perjalanan sampai anda menemukan canyon/ngarai. Masuki ruang mesin kereta. lalu dari sini turunlah antara dua bagian jembatan dan ikuti jalan yang ada. Lalu beloklah ke kanan dan berubah jadi super monkey. Akan ada pintu ruangan rahasia di depan anda