Saat monyet-monyet kembali bermunculan, kamu segera mengetahui bahwa ada sesuatu yang sangat salah. Bersetting di dunia komputer, Ape Escape: Pumped & Primed kembali menggunakan karakter favoritmu dari seri franchise Ape Escape dalam bertempur melawan Specter dan pasukan monyet-monyetnya dalam sebuah dunia komputer. Sebagai Natalie, Spike, the Professor atau Jake, kamu harus mengalahkan musuhmu dengan menggunakan peralatan-peralatan yang ada dan kemampuan spesial. Kamu akan dapat bermain dengan teman dalam Story Mode atau bertarung satu lawan satu dalam Versus Mode