Meskipun judul dan karakternya sama dengan versi PSX-nya, MGS versi GBC ini mempunyai cerita yang berbeda dengan pendahulunya.
Fitur
-
13 stage.
-
Replay stage yang sudah dilalui.
-
Sub-mode spesial bisa digunakan bila stage telah diselesaikan.
-
Latihan maya.
-
Versus dengan menggunakan kabel.