Kisah dalam serial Tenchu : Time of the Assassins tidak mengikuti time line dari kisah Tenchu sebelumnya. Plot yang berbeda, mengambil seting sebelum serial Tenchu yang asli keluar. Diawal game pemain akan melihat Rikimaru, Ayame, Tessu, dan Rin mencoba untuk membunuh rival mereka untuk alasan yang tidak diketahui. Kemudian Ayame muncul lagi ketika Tasumaru juga muncul dan menantang Ayame. Onikage muncul dan bertarung melawan Rikimaru. Pemain dapat menjalankan berbagai kisah masing-masing karakter sama seperti game sebelumnya tapi dengan beberapa tambahan misi. Kali ini pemain akan menuntut balas kepada rival mereka masing-masing.