Layaknya game Mega Man sebelumnya tiap boss akan memiliki kelemahan dari senjata boss lainya.

Berikut boss pada Mega Man Maverick Hunter X beserta kerangannya dan cara mengalahkannya:

[01] Vile
=========
Vile merupakan boss pertama yang akan anda hadapi. Gunkan X-buster yang telah di Charge dan tembakan padanya, pastikan tembakan anda mengenai kepalanya bukan armornya.

Lokasi : Highway
Senjata di dapat : tidak ada
Senjata kelemahan boss : tidak ada
tingkat kesulitan : *

Serangan boss :
- Punch : pukulan vike anda
- Jump : Loncatan vile
- Dash : Vile akan mengunakan dash memperpendek jarak ke anda dan memukul. Tidak mungkin dihindari kecuali mengunakan Foot Part (Dash)
- Ground Shock : Vile menembakan listik ke lantai untuk membuat karakter anda terkena freeze dan kadang menyambungnya dengan serangan pukulan.

Strategi :
Hindari seranganya sebisa mungkin, sambil balas menembak kepalanya dengan tembakan buster beruntun atau X-Buster(yang telah di charge).
Catatan : Anda bisa pergi ke Stage Flame Mammoth dulu untuk mendapatkan Foot Part sebelum bertarung dengannya. Dash akan sangat berguna menghadapi boss ini.


[02] Strom Eagle
================
Boss elang ia lemah tapi anda akan mendapatkan serangan kuat setelah mengalahkannya.

Lokasi : New-Type Airport
Senjata di dapat : Storm Tornado
Senjata kelemahan boss : X-Buster, Chameleon Sting
tingkat kesulitan : *

Serangan boss :
- Wind : Strom Eagle akan mengunakan angin yang akan memukul mundur Mega Man ke belakang. Gunakan dash berkali-kali ke depan dan tembaklah ia dengan X-buster.
- Storm Tornado : Serangan ini tidak berbahaya sama sekali dan tidak menimbulkan damage. Hanya saja akan mendorong anda dengan cepat, jadi gunakan dash ke depan sambil menembaki Strom Eagle dengan X-Buster.
- Swooping : Strom Eagle akan terbang ke atas langit dan akan meluncur menyapu ke bawah dengan cepat dan menimbulkan damage. Gunakan dash ke sudut ruangan untuk menghindari serangan ini.
- Falling Feather : Saat anda telah melemahkanya, storm eagle akan menambakkan 4 falling feather pada wind attack-nya. Gunakan dash hindari serangan ini.
- Jump : Kadang Strom Eagle untuk memulai serangan Swooping dan kadang mundur ke belakang.
- Mini Bird : Strom Eagle akan menembakan peluru berbentuk peluru kecil, lompati dan serang ia saat ini.

Strategi :
Gunakan dash dan swoop melawan arah datang serangan angin ini, dan serang ia setiap ada kesempatan dengan X-buster. Setelah mengalahkannya anda akan mendapatkan senjata yang sangat berguna darinya, Strom tornado.


[03] Chill Penguin
==================
Chill Penguin sebenarnya bisa dikalahkan cukup dengan X-buster. Dengan tetap berada di dinding anda akan aman, sambil men-charge buster tentunya.

Lokasi : Abandoned Missile Base
Senjata di dapat : Shotgun Ice
Senjata kelemahan boss : X-Buster, Flame Wave
tingkat kesulitan : **

Serangan boss :
- Shotgun ice : Berupa tembakan beberapa es yang bisa anda tembak balik atau hindari dengan menaiki dinding.
- Slide : Chill Penguin akan meluncur dengan mengunakan perutnya. Ia tidak bisa di serang pada saat ini dan ia akan terpantul kebelakang, gunakan wall jump sambil meng-charge dan tembak ia.
- Ice penguin : Chill Penguin akan membuat 2 pinguin es. Tembaki 2 pinguin es ini karena ia tidak akan begerak.
- Snow Storm : Chill Penguin akan mengapai cincin di atap dan menembakan es sambil terdorong ke belakang. Serang ia dengan X-buster sekarang.
- Jump : Chill Penguin kadang meloncat. Dash kebawahnya dan tembaki Chill Penguin. Serangan ini akan berbahaya jika anda berada pada sisi atas.

Strategi :
Hindari dengan tembakan Chill Penguin, dan berdirilah dekat dinding dan gunakan serangan X-Buster (charge) sesering mungkin.