(Fiona and the Sunken Desert)
Kembali ke 12,000 B.C dan masuki Village Commons di dekat Surviving Village. Bicara dengan perempuan di dekat bibit pohon, dan katakan "Plant it with hope". Gunakan Epoch untuk kembali ke 600 A.D, dan kunjungi Fiona's Villa yang berada di bagian Timur Dorino. Bicari dengan Fiona dan suaminya, dan untuk persiapan sebaiknya tempatkan Frog dan Marle kemudian pergi kebagian selatan untuk memasuki Sunken Desert.

Jalan ke pusaran pasir untuk memasuki gua, ambil Lapis, Hi-Ether, Elixir dan Aeonian Suit di area ini kemudian keluar ke Selatan. Anda akan menemukan monster besar di sini. Jangan mendekatinya dulu, ambil Hi-Potion, 5000G, Turbo Ether, Hi Ether, Memory Cap, Muscle Ring, dan Aeonian Helm di setiap sudut ruangan terlebih dahulu. Setelah mendapatkan semua lawan Boss Melphyx. Setelah berhasil mengalahkannya kembali ke area sebelumnya, dan periksa obyek bersinar untuk mendapatkan Strength Capsule.

Kembali ke Fiona's Villa dan bicara dengannya lagi. Bicara dengannya lagi saat Robo dalam party dan biarkan Robot untuk tinggal. Warp ke 1000 A.D dengan Epoch. Masuki Fiona Shrine dan bicara dengan suster di sini, yang salah satunya juga akan menjual perlengkapan cukup Rare. Periksa Robo di utara, untuk cutscene. Saat mengendalikan Lucca, masuki Gate untuk kembali ke masa lalu. Periksa catatan di lantai kemudian turun ke bawah dan keluar ke selatan. Setelah Cutscene segera periksa obyek bersinar dan tekan tombol L, A, R , A. Jika berhasil menyelamatkannya ini akan merubah masa depan. Kembali ke gate dan anda akan mendapat Green Dream

(Ozzie's Fort)
Saat di 600 A.D gunakan Epoch untuk terbang ke bagian timur Black omen.. Masuki Ozzie Fort ( castle di tengah hutan yang dikelilingi rawa). Sebagai persiapan sebaiknya tempatkan Frog dan Robo, atau Magus dan Ayla. Setelah siap masuki Ozzie's Fort

Di bagian awal anda akan melawan Flea, setelah berhasil mengalahkannya lanjutkan saja mengikuti jalan sampai melawan Slash. Anda akan melawannya jadi ini tidak akan sulit. Di ruangan selanjutnya Ozzie akan memasang perangkap, hiraukan saja perangkap sampai Ozzie pergi, kemudian ambil Hi-Ether. Sebelum melanjutkan ke Utara periksa dinding selatan untuk menemukan jalan rahasia dengan peti berisi Doom Schyte, Gloom Helm, Gloom Cape dan Magic Capsule dari obyek bersinar. Sebelum melanjutkan tempatkan Ayla dalam party.

Di sini anda akan menghadapi Flea, Slash, dan Ozzie. Fokuskan serangan pada Slash terlebih dahulu. Setelah berhasil mengalahkan mereka, ambil speed ring dan clarity cap kemudian lanjutkan. Saat melawan Ozzie serang saja salah satu switch di belakangnya. Kembali lagi ke ruangan ini untuk cutscene.


(Inside the Geno Dome)
Kembali ke 2300 A.D. dan terbang ke pulau di bagian Selatan-Timur dari Derelict Factory. Tempatkan Robo sebagai pemimpin, dan bawa juga Crono atau Magus. Ingat anda tidak dapat keluar sebelum menyelesaikan arena ini, jadi setelah kamu melakukan semua persiapan dengan sangat matang, masuki Geno Dome.

Di dalam periksa komputer untuk membuka pintu. Di bagian selanjutnya anda harus menghadapi deratan musuh, dan Lightning II sangat efektif untuk menghadapi semuanya. Di area berikutnya tekan switch untuk membuka Charge Pod, kemudian kalahkan 2x Deverminator EX di bagian Barat untuk saat ini anda tidak dapat mengambil Poyozo Doll, jadi lanjutkan saja ke utara. sebelum mendekati robot version 4.0, sebaiknya tunggu sampai salah satunya memasuki charge pod, dan ikuti ia ke selatan. setelah pintu terbuka ambil hi potion x2, dan 5000 G.

Kembali ke utara dan kalahkan 2x Robot Version 4.0, ambil Hi-Potion dan hancurkan laser guard kemudian tekan switch bagian kanan dan kiri ( tengah tetap hijau ) untuk membuka charge pod. Sekarang anda dapat kembali menggunakan trik sebelumnya, tempatkan robo dan masuki charge pod yang baru saja anda buka. lakukan ini dengan cepat untuk mengambil Poyozo Doll dan periksa juga tempat Poyozo Doll untuk mendapatkan sebuah Speed Capsule.

Kembali ke jalan masuk dan lanjutkan ke arah Timur, pintu berikutnya akan membawa anda ke elevetor, tapi saat ini lanjutkan dulu ke arah utara. masuki pintu dan lawan Version 4.0 terlebih dahulus ebelum mengambil elixir dan lapis. kembali ke raungan elvetaor sebelumnya, dan gunakan untuk ke lantai atas. save game dan istirahat jika ingin, kemudian hancurkan laser guard di selatan. Ambil lapis kemudian masuki pintu UTara, periksa obyek untuk mendapatkan Strength Capsule. Lanjutkan saja terus ke Utara dan gunakan elevator untuk turun.

Di area ini tekan switch di area tersembunyi tepat di arah bagian Barat. Kembali dan pergi ke selatan dan hancurkan Laser Guard. Tekan switch lainnya untuk menghilangkan laser yang menghalan gi jalan. Tekan switch lainnya di Barat untuk membuka Charge Pod, kemudian kembali melakukan ini dengan cepat, begitu Robo dialiri listriks egera lari ke Charge Pod ini untuk membuka pintu. Ambil Turbo Ether dan Hi-Ether kemudian biarkan Robot di sini mengikuti anda. Bawa robot ini ke bagian timur, ke tempat version 4.0 yang menghalangi jalan. Sekarang anda dapat mengambil Poyoz Doll dan Vigilant's Hat.

Sekarang kembali ke atas dengan elevetaor pertama, Save game dan siapkan Robo untuk pertarungan 1 lawan 1 dengan Atropos XR. Terus saja serang dengan single tech terkuat, dan jika terdesak gunakan Heal Beam. Setelah berhasil mengalahkannya, anda akan mendapatkan Ribbon. Periksa switch di utara untuk mengambil megalixir. Ikuti jalan dan turuni tangga dulu, ambil 15000G dan lanjutkan masuki pintu. setelah cutscene berakhir, masuki pintu lainnya untuk mengambil Hi-Ether.

Kembali ke area sebelumnya naiki tangga dan lanjutkan hancurkan semua Laser Guard di utara. Tempatkan Poyozo Doll pada dua Pod hijau untuk membuka pintu. Masuk ke dalam dan bersiap menghadapi Mother Brain. Pertama hancurkan ketiga display di bagian belakang dengan serangan normal atau Lightning II, karena mereka dapet menyembuhkan Mother Brain. Kemudian fokuskan semua serangan pada Mother Brain. Setelah mengalahkannya anda akan mendapatkan Teraton Arm dan juga Crisis Arm.