Lufia: The Ruins of Lore mengambil setting 20 tahun sejak Lufia II: Rise of the Sinistrals untuk handheld SNES. Setelah kekalahan Sinistrals oleh Maxim, dunia menjadi tenang kembali hanya untuk sementara waktu. Kerajaan Gratze bersekutu dengan seorang pria misterius bernama Ragule dan menyatakan perang, yang tujuan utamanya adalah mencari keberadaan monster kuat yang dikenal dengan nama The Beast dan mengendalikannya untuk menguasai dunia.
Tokoh utama kali ini adalah Eldin yang bermimpi menjadi seorang petualang. Dia nantinya akan dibantu oleh Torma, teman baiknya; Rami, teman masa kecil Eldin dan Toma; Bau, seorang ras hobbit yang menjadi monster menyerupai anjing yang membuatnya dijauhkan oleh ras hobbit yang lain; dan Dekar, seorang pendekar dari Lufia II.