Kisah kali ini merupakan lanjutan dari serial Persona 3 yang muncul sebelumnya, seting dan karakter yang sama hanya saja kali ini, setelah berhasil mengalahkan joker gamer akan masuk kedalam dunia yang lebih kelam yaitu menara misterius tartarus. Gamer kemudian berhasil mengumpulkan sejumlah siswa untuk diajak masuk kedalam extra kurikuler yang memiliki pekerjaan sampingan menjaga kedamaian.