Tidak seperti seri lain sebelumnya, kali ini dalam sebuah permainan aksi RPG berjudul Virtua Quest ini, pemain akan bermain disuatu masa yang akan datang di suatu dunia virtual yang dikenal sebagai Nexus. Seorang pemuda akan berhadapan dengan sebuah konspirasi dalam dunia virtual tersebut, dan harus bertarung untuk menyelamatkan dirinya dan dunianya.