Sebagai game RPG ketiga dari Atlus, Persona 3 akan membawa kamu ke dalam diri seorang pemuda berumur 17 tahun yang baru saja pindah sekolah. Tidak lama setelah masuk ke dalam asramanya, ia diserang oleh musuh misterius yang disebut Shadow. Dengan kemampuannya yang unik utnuk bertukar Persona daripada hanya menggunakan satu makhluk saja, akhirnya ia menjadi pemimpin dari sebuah kelompok yang memiliki satu tujuan utama, yakni mengalahkan Shadow.
Disini gamer bisa merasakan kehidupan di sekolah. Kamu akan mengendalikan karakter utama kamu di setiap hari-hari sekolah, mengendalikan seluruh kegiatan sekolahnya, mengatur asrama dan juga menjelajahi kota yang ada serta membina hubungan kamu dengan komunitas sekitar kamu yang nantinya akan mempengaruhi kemampuan untuk bertarungm
Saat jam mulai memasuki tengah malah, dunia akan memasuki apa yang disebut dengan Shadow Time dan pertarungan pun dimulai. Capailah kemenangan di setiap pertarungan dan kamu nantinya bisa menerima Persona Cards baru. Kartu-kartu ini merupakan makhluk yang nantinya bisa kamu panggil dan juga bisa kamu kombinasikan untuk memperoleh Persona yang baru.
Dalam versi PSP kali ini, kamu akan menemukan beberapa karakter tambahan, even tambahan serta hubungan baru. Selain itu, kamu juga akan menemukan tingkat kesulitan yang lebih banyak dan kamu juga bisa mengendalikan karakter lain selain karakter utama kamu.