MegaMan Battle Network 5 awalnya dirilis untuk GBA pada tahun 2004 dan 2005 (versi JP), yang dirilis dalam 2 versi: Team ProtoMan (Desember 04) dan Team Colonel (Februari 05). Setengah tahun kemudian, tepatnya July 05, Capcom me-remake ulang lagi untuk NDS dengan judul MegaMan Battle Network: Double Team, yang berisi 2 versi sekaligus dari yang GBA.
Diceritakan Lan dan beserta ketiga temannya (Dex, Mayl, Yai) dipanggil ke markas Sci-Lab untuk melihat proyek penelitian terbaru dari ayah Lan, Yuichiro. Sebelum dapat memperlihatkan proyeknya, agen misterius mengambil alih Sci-Lab, lalu menangkap Yuichiro dan mencuri semua PET temannya. Hanya milik Lan yang tidak dicuri karena saat itu Lan sedang berada di tempat lain. Siapakah sebenarnya yang mencuri dan apa tujuannya?