Alter Echo menceritakan tentang dunia masa depan. Seorang fisikawan yang dikenal sebagai shapers, dapat menggunakan zat spesial yang disebut Plast untuk membentuk apapun dari senjata hingga bangunan. Kamu bermain sebagai Nevin seorang shaper yang berusaha menghentikan Paavo yang merupakan shaper paling hebat di dunia dari memusnahkan ras manusia.