THREADS OF FATE adalah game yang menggabungkan cerita tentang 2 orang yaitu Mint dan Rue. Mereka berdua memiliki tujuan yang sama, yaitu mencari sebuah peninggalan sejarah kuno dan mereka berdua memiliki niat yang berbeda untuk benda itu. Mint ingin memakainya untuk membalas dendam, sedangkan Rue ingin memakai benda itu untuk menghidupkan kembali temannya. Selama petualangan, kamu akan saling berpapasan dengan karakter utama lainnya. Tetapi kedua karakter ini memiliki stage dan cerita yang berbeda.