Cipher Complex adalah game pertama terbitan dari Edge of Reality yang memiliki perbedaan dengan game action lainnya, yaitu fitur cinematic combat, yang nantinya diharapkan akan membawa suasana pertempuran menjadi lebih hidup, dan memacu adrenalin gamer. Dalam game ini diceritakan bahwa satelit pengintai milik pemerintahan Amerika jatuh kebumi, berbagai informasi mengenai kejadian ini ditutup-tutupi. Pemerintah Amerika memanggil prajurit John Cipher untuk mengambil semua database dari satelit tersebut yang jatuh kedaerah konflik, gamer harus mengumpulkan berbagai informasi dengan caranya sendiri.