Dead Space Extraction menceritakan mengenai kisah dari perjuangan para penduduk koloni yang mencoba untuk keluar dari kengerian terinfeksi dari virus mematikan dalam koloni Aegis VII sebuah koloni yang terletak jauh didalam kegelapan luar angkasa. Dalam game ini diperkenalkan seorang tokoh jagoan wanita baru yang tergabung dalam pesawat kalian. Misi kalian adalah untuk menyelamatkan semua penduduk koloni dan keluar dari planet mereka.