Semua kejadian yang tidak terungkap dari kejadian ketika Sora tertidur antara KH 1 dan KH 2 akhirnya terungkap dalam game ini. Kingdom Hearts 358/2 Days akan berkisah seputar petualangan Roxas, ia merupakan tokoh pahlawan jelmaan dari karakter Sora. Ia tergabung menjadi salah satu anggota Organization XIII dan bertualang diseluruh dunia Disney dan mencari tahu ada hubungan apa antara dirinya, Sora dan anggota ke 14 dari Orhanization XIII. Dalam game ini kalian akan banyak menemukan unsure kejutan karena memang game ini merupakan kisah yang pelengkap dari serial Kingdom Hearts.