Pada pembukaan perdana taman bermain ketiga milik Mario, 100 tamu pertama akan menerima sebuah mainan baru Mini Pauline. Donkey Kong tiba sebagai tamu ke-101 dan menemukan bahwa dirinya sudah tidak bisa mendapatkan mainan tersebut. Akhirnya, ia pun menculik Pauline dan masuk ke dalam taman, dimana Mario dan pasukan Mini Marios pun mulai mengejarnya.
Mario vs. Donkey Kong Miniland Mayhem merupakan sebuah permainan action puzzle dimana gamer bisa menggunakan stylus untuk menempatkan objek seperti balok, pegas, pipa, band berjalan dan tangga untuk membantu Mini Marios mencapai pintu akhir di setiap level yang dimainkan.