Blossom, Buttercup dan Bubbles berpetualang di GBA untuk menghentikan Mojo Jojo yang mencuru perhiasan kota. Dia menggunakannya untuk membuat robot sibernetika yang di sebut Mobots. Teror sedang berkecamuk di Townville, bagaimanakah usaha Powerpuff Girls untuk menghentikan sepak terjang Mojo?