Sebagai sebuah game action RPG yang unik, 3D Dot Game Heroes menggunakan setting di Kingdom of Dotnia. Dunia ini dahulunya merupakan dunia yang terbuat dari seni gambar 2D seperti game-game lama.
Tapi, seiring dengan munculnya niat untuk menarik perhatian orang-orang untuk datang ke kerajaan tersebut, sang raja pun akhirnya memutuskan untuk menggunakan teknologi dalam membuat segala sesuatu menjadi 3D.