Game bermulai di Carthage Michigan, Ketika Imani Grey dan empat orang IPCA dikirim untuk mencari Lawrence Mujari dan menghancurkan pasukan pembebasan untuk kemerdekaan perancis. Ketika proses penangkapan gagal, Mujari berhasil kabur sementara virus syphon filter berhasil didapatkan oleh keluarga mafia untuk menguasai dunia. Gabe ditemani oleh teman-teman satu timnya kembali berhadapan dengan para kriminal yang mencoba mendapatkan syphon filter.