Deus Ex yang diluncurkan oleh Eidos Montreal ini merupakan jawaban bagi penggemar game Deus Ex, dimana telah didesain ulang dari Deus Ex yang aslinya berdasarkan hasil timbal balik dari pemain yang telah bermain game Deus Ex ini. Ketika pemain melawan para bos yang terdapat pada Deus Ex: Human Revolution, sehingga banyak pemain yang memberikan respon negatif terhadap kesulitan melawan bos yang tidak bisa diatasi oleh pemain. Oleh sebab itu Eidos mencoba mengubah sistem permainan dan memberikan fitur-fitur baru didalamnya.
Mengambil waktu 25 tahun sebelum kejadian pada Deus Ex pertama, yaitu pada tahun 2027. Di tahun ini manusia sudah sangat maju dengan nano-teknologi. Sehingga sudah wajar jika beberapa bagian tubuh manusia diganti dengan perangkat elektronik. Player mengambil peran sebagai Adam Jensen, seorang bodyguard swasta dimana perusahaan tempatnya bekerja mengkhususkan diri dalam pengembangan nano-teknologi. Suatu hari Adam melihat kasus penyerangan yang ditujukan terhadapperusahaan tempatnya bekerja. Namun yang aneh adalah Adam mendadak menjadi tersangka dalam penyerangan tersebut.