KotakGame

Front Mission 3 bercerita tentang penduduk sipil jepang OCU Kazuki Takemura bersama sahabatnya Ryogo Kusama tertangkap karena menjadi saksi dalam konspirasi besar negaranya dalam membuat bom atom jenis baru di Yokosuka Military Base, berseting di tahun 2112, akan ada dua cabang cerita di awal, yang memungkinkan player memihak salah satu aliansi. Jika memilih USN, player akan mendapat karakter Emir Klamsky. Jika player memilih DHZ maka player akan bertemu dengan adik dari karakter utama Alisa untuk ikut berperang melawan JDF.