Fox McCloud dan teman sebangsa hewannya bersama-sama lagi dalam perjalanan melewati waktu ini. Sayangnya, tidak ada krew lama yang bersedia maju di garis depan dengan Fox kali ini. Peppy sedang berperan dalam suatu misi bantuan, Slippy sedang mengurus penelitian dan pengembangan dunia, sementara Falco sedang memutuskan untuk bersolo karir. Ini berarti kamu akan bermain sebagai Fox sendiri yang telah menemukan sebuah tongkat magis yang mampu membawanya berkeliling dunia dan waktu.