Phylon merupakan permainan yang mengombinasikan aksi tempo cepat dengan aksi tembak menembak sudut pandang orang ketiga. Diceritakan bahwa jauh dari pusat galatik, terdapat suatu dunia tempat tinggal para amphibi yang dikenal dengan sebutan Anura dan tidak pernah terganggu sebelumnya. Para amphibi menjaga tanah suci mereka dengan menggunakan senjata api maupun pedang.
Terran yang merupakan bangsa manusia terakhir dari bumi mendarat di dunia Anura milik para amphibi tersebut. Terran pun berusaha melakukan berbagai serangan gencar dan membantai prajurit-prajurit katak yang berhasrat menguasai kembali dunia mereka. Terran yang kalah jumlah dengan para amphibi terpaksa harus bermukim disekitar tempat pendaratan mereka pertama kali, di suatu daratan beku di utara.
Sementara itu, dunia Anura semakin terancam dengan kedatangan dan invasi dari pasukan Bloblic. Dikatakan bahwa Anura kaya akan bahan tambang dan sumber daya makanan yang potensial. Sekarang tiga bangsa berbeda terjebak dalam perselisihan hidup mati untuk menguasai Anura. Ambil senjata milikmu dan pilihlah kepada siapa kamu akan berpihak.