Ninja Azuma telah melayani House of Gohda selama beberapa generasi. Sekarang 3 orang ninja yang masih sangat muda, Rikimaru, Ayame, dan Tatsumaru, harus melindungi Lord Gohda Matsunoshin dari kudeta, perang sipil dan sebuah grup misterius yang menamakan diri mereka Burning Dawn. Diawal permainan pemain harus mengalahkan tentara yang dipimpin oleh paman dari Lord Gohda, motohide. Setelah pertempuran berdarah dan meninggalnya Lady Kei istri Lord Goda, dan penculikan Putri Kiku, anak dari Lord Gohda, Rikimaru dan kawan-kawan harus berbagi tugas untuk menyelamatkan kesemuanya. Banyak rintangan dan jalan cerita yang rumit, serta ending yang berbeda membuat game ini layak untuk dikoleksi.