Aeon Flux membawamu berperan sebagai seorang pembunuh terlatih di masa depan. Saat itu sebagian besar populasi dunia telah musnah karena penyakit mematikan telah mewabah. Misimu adalah membunuh pemimpin pemerintah. Dalam perjalanannya nanti, ia akan menemukan rahasia yang akan membuatnya ragu akan segala hal yang dia pikir sebelumnya dia tahu.