Legaia 2: Duel saga menceritakan tentang sekelompok orang yang dikenal sebagai Mystic. Orang-orang tersebut merupakan orang yang dikucilkan karena orang biasa lainnya sering menganggap mereka sebagai monster atas kemampuan para Mystic yang mampu memanggil roh yang disebut Origin. Pemain akan bermain sebagai Lang yang juga merupakan salah satu Mystic yang akan memegang nasib dari dunia.