Xenosaga hadir juga untuk NDS, Xenosaga I dan II yang dikemas dalam satu catridge. Untuk cerita sama seperti yang versi PS2, namun ada sedikit event yang berbeda dan gameplay-nya juga beda. Artwork dan musiknya sangat berbeda dengan versi PS2-nya yang mengalami penurunan di NDS. Di sini, Kirschwasser akan memiliki peran dan misteri dibalik kematian Sakura Mizrahi juga akan terungkap! Namun sayangnya Xenosaga I & II ini tidak ada versi AS-nya, hanya ada versi Jepang.