Halo 3: Recon mengambil setting waktu pada tahun 2552 setelah Halo 2. Pada Halo 2, karakter di Halo 2 berada ringworld asing di kenal dengan nama Delta Halo. Sedangkan Recon fokus pada kejadian yang terjadi di Bumi di kota Mombasa Baru ditengah-tengah penyerbuan oleh Covenant.