Ape Escape Million Monkeys kali ini bukan bercerita mengenai penangkapan monyet-monyet tersebut. Kali ini adalah perang. Untuk menyelamatkan planet, pemain perlu menghadapi segerombol monyet yang sedang marah, cenderung untuk mendominasi dunia dan kalahkan mereka. Perhatikan beberapa wajah yang familiar dari beberapa serial Ape Escape terdahulu. Dan berhati-hatilah, karena kali ini monyet tersebut bukan hanya bersenjata, tapi juga sangat berbahaya. Pilihlah dari berbagai macam kendaraan berteknologi tinggi dan senjata yang dapat dikustomisasi untuk bertempur dengan gerombolan monyet tersebut. Nikmati juga pilihan untuk bermain secara multiplayer termasuk pertempuran dengan 4 pemain dan 40 level dalam Survival Mode.