Beberapa tahun setelah kejadian dari seri .hack sebelumnya, game online yang populer dan berbahaya tersebut telah dibangkitkan kembali. Sebagai Haseo, pemain akan terbawa dalam misi balas dendam untuk mencari pemain misterius yang suka membunuh pemain lain. Kali ini pemain akan dapat berinteraksi dengan karakter lain dalam permainan menggunakan mail, video, dan lain sebagainya.