Komandoi pasukan Rogue Spear, lalui berbagai misi untuk menyelamatkan tahanan. Semua kini tergantung pilihan dan keputusanmu sendiri, apakah akhirnya menjadi tim penyelamat atau hanya menjadi pembangkang yang mengorbankan tim. Gamer akan berhadapan dengan organisasi kejahatan yang telah mencuri teknologi nano berisi virus yang bisa menjangkiti semua manusia didunia melalui sentuhan. Tim Rainbow Six harus menggagalkan rencana tersebut dan menyelamatkan dunia.