Clash of Ninja Revolution 2 menyempurnakan gerakan bertarung dari game sebelumnya. Adegan dimulai setelah kepergian Sasuke meninggalkan Leaf Village untuk mendapatkan kekuatan baru dari Orochimaru. Ada karakter baru yang bisa dimainkan di seri ini. Karakter tersebut khusus dibuat untuk membantu jalannya cerita kali ini.