Sunshine Island dalam bahaya!!! Beberapa tahun lalu, sebuah gempa bumi yang dahsyat telah menimpa Sunshine Islands. Dalam Harvest Moon: Sunshine Islands, semuanya tergantung pada gamer untuk menimbulkan kembali pulau yang telah tenggelam tersebut dengan menemukan Sun Stone yang memiliki kekuatan magis. Timbulkan kembali pulau-pulau yang telah tenggelam untuk bertemu dengan karakter baru, menanam tanaman baru dan berteman dengan hewan-hewan seperti bebek, monyet dan luak.
Dalam Harvest Moon: Sunshine Islands, gamer akan kembali bergabung dengan seluruh karakter-karakter yang pernah muncul di Harvest Moon: Island of Happiness dan kamu juga akan bertemu dengan sejumlah teman baru. Gamer akan menanam dan memelihara tanaman, memelihara hewan peliharaan, menambang, memancing dan bertanding dalam sebuah acara festival. Semuanya ini demi misi mereka untuk mengembalikan Sunshine Islands seperti sedia kala. Dengan sedikit keberuntungan, mereka juga bisa bertemu dengan pasangan hidup mereka dan membentuk keluarga seiring permainan.