Bermula dari pembunuhan yang terjadi pada seluruh keluarganya, Frank Castle yang akan dikenal sebagai The Punisher, mulai melakukan suatu misi untuk membersihkan jalanan dari para kriminal. Dalam permainan ini kemudian cerita akan dimulai dari kisah The Punisher yang ditangkap dan dinterogasi oleh dua petugas polisi. Pemain juga akan memainkan sederetan kejadian sebelum The Punisher tertangkap seperti yang akan diceritakan dalam permainan.