Bersiaplah untuk sebuah kisah yang terjadi hanya dalam sebuah museum terbesar yaitu the Smithsonian Institute. Penjaga museum Larry Daley mengetahui bahwa semua benda favoritnya dan beberapa temannya dari Museum New York Natural History sedang dikirim ke sebuah museum pusat The Smihtsonian. Ia diberitahu oleh sahabat lamanya bahwa ada kekuatan jahat yang akan menguasai museum tersebut dan ingin mengambil relik yang berharga didunia.