Kisah terbaru dari serial Front Mission yang bukan dari perpanjangan cerita dari sejarah Front Mission. Player memiliki nama sandi yaitu Storm yang akan memulai sebagai prajurit dari OCU, dan akan bertempur melawan USN. Pada saat bersamaan player juga harus bertempur dengan para prajurit bayaran, yang entah dari mana asalnya dan entah memihak siapa, masuk kedalam pertempuran dan ikut merubah jalannya arus pertempuran.
Untuk serial Front Mission 2089 tidak mengambil seting waktu dari sejarah panjang Front Mission, tapi lebih kepada plot cerita awal mula dan kenapa kedua Negara ini saling berseteru. Ending dari seri ini adalah awal dari Front Mission 1st.