Bermain sebagai seorang ninja, dan selesaikan setiap misi yang ada, membunuh tanpa suara, beraksi dalam kegelapan, dan bersih dalam setiap aksinya. Berseting di jaman feudal kekaisaran jepang, pemain akan membersihkan nama baik ninja dalam pemerintahan era tersebut. Pemain akan berperan sebagai rikimaru atau Ayame. Masing-masing memiliki jalan cerita dan jalur yang berbeda, begitu pula dengan senjata yang didapatkan.